Au début des années 1930 la ville de Kénitra au Maroc prend le nom de Port Lyautey, du nom de Louis Hubert Lyautey, premier général résident français. L'installation d'une base d'aéronautique navale est envisagée par la marine, dans une boucle du fleuve Sedou, en retrait de la mer, sur la route de Rabat à Tanger. En juin 1932 la base de port Lyautey est créée et deviendra rapidement une des bases principales de la marine en Afrique du Nord. Le déclenchement de la seconde guerre mondiale va profondément bouleverser l'existence de la nouvelle base.

En 1940, tout juste opérationnelle, la BAN va accueillir des hydravions repliés de métropole et permettre l'installation de nouvelles formations basées à terre. En 1941 et 1942 elle connait une période d'activité réduite due aux conditions d'armistice. En novembre 1942, les alliés déclenchent l'opération Torch, la BAN de Port Lyautey sera le théâtre de violents combats entre les forces américaines et les marins aviateurs restés fidèles au gouvernement de Vichy. Après avoir été conquise, elle passe sous contrôle américain et devient à partir de 1943 la plate-forme principale des opérations menées par l'US Navy contre les sous-marins allemands en Atlantique.

Partiellement restituée à la France en 1948, elle renait sous forme d'une BPAN avec la présence d'une école d'application au pilotage (escadrille 55S). Les américains conserveront néanmoins une partie des installations de la base, dans un contexte de cohabitation pas toujours aisé pour les uns et les autres. En 1960 la BAN Port Lyautey devient brièvement une base école de la chasse embarquée.

Elle est remise aux forces royales marocaines en 1962, vingt-trois ans après sa création.