La frégate Algésiras faisait partie de l’armada navale de la coalition franco-espagnole face à l’Angleterre à la bataille de Trafalgar (Octobre 1805).

Le 18 mais 1804, le Sénatus-consulte proclame Napoléon Bonaparte, « Empereur des Français ». Le 10 août, l’amiral Pierre Charles Villeneuve remplace l’amiral Louis-René Latouche-Tréville décédé sur le Bucentaure ; il prend le parti de gagner Cadix, craignant la présence de 25 navires anglais dans un combat qu’il pense perdu à Ouessant. Devant cette reculade, Napoléon, furieux, doute que son projet d’invasion de l’Angleterre puisse réussir ; il privilégie alors les forces combattantes continentales dans sa conquête européenne.

Le 17 septembre 1805, l’amiral François Rosily-Mesros, désigné pour relever Villeneuve, ne parviendra jamais à Cadix. Fustigé par l’annonce de son remplacement, Villeneuve donne, le 19 octobre, l’ordre à sa flotte de sortir (soit,  d’après les historiens, 25.000 hommes promis à une mort certaine). En effet, l’amiral Nelson, arrivé devant Cadix, après le 28 septembre, commandant en chef de la flotte britannique, a préparé son plan d’attaque ; il n’attendait plus que la sortie des Français.

La bataille de Trafalgar se déroulera en 3 phases et se soldera par un désastre pour la flotte alliée franco-espagnole, au large du cap Trafalgar. La responsabilité en incombera à l’amiral Villeneuve qui aura commis une erreur de stratégie dans le positionnement des flottes sous son commandement.

Le 21 octobre, à 14h00, Nelson tombera, mortellement blessé.

Villeneuve sera fait prisonnier et emmené en Angleterre ; libéré pour revenir se justifier en France, il se suicidera (thèse soutenue par les historiens) durant le trajet vers à Paris : il sera retrouvé mort à Rennes le 22 avril 1806.

Cinq vaisseaux français, 6 espagnols avaient pu regagner Cadix dans un premier temps. A cause du mauvais temps, les prises françaises coulèrent. Le Bucentaure, l’Aigle et l’Algésiras amarinés furent repris par les Français. Seul l’Algésiras put revenir à Cadix.

Du côté des Alliés, on dénombrera 3.400 morts et 1.200 blessés. Les Anglais eurent 1.000 morts et 2.500 blessés. L’amiral Charles Mangon, après une belle conduite, mourra ; l’amiral espagnol Gravina devait également succomber.