La France, défaite, est envahie par l’armée allemande en Juin 1940. Le vice-amiral allemand Karl Dönitz décide, le 28 juin, d’implanter la base principale de ses sous-marins et son quartier général à Lorient. Deux années plus tard, pour faire face à la menace américaine, Hitler décide, le 13 août 1942, de construire le Mur de l’Atlantique ; outre la base de Lorient, d’autres bunkers pour sous-marins seront érigés à Brest, Saint-Nazaire, La Palice et à Bordeaux.

Dès le 5 juillet 1940, un Unterseeboot (U-Boot et U-Boote au pluriel), le U-30 entre dans l’arsenal du Scorff. Puis d’autres U-Boote arrivent dans les semaines qui suivent. Des travaux sont alors entrepris pour réparer les installations qui ont subi des dégâts avant la reddition française. Après avoir réquisitionné trois villas, Dönitz s’installe le 16 octobre 1940 à Kernével (appelé le « château des sardines ») en Larmor-Plage.

Les attaques de l’aviation anglaise vont amener Dönitz à créer des alvéoles indestructibles pour protéger ses sous-marins. Le projet retenu est organisé autour d’un slipway pour mettre au sec les sous-marins à réparer. Supervisé par le Reichministr Todt, le chantier « titanesque » occupera environ 15000 travailleurs de plusieurs nationalités dont environ 6000 Français et des ouvriers allemands (un pour quatre travailleurs).

Trois bunkers seront construits nécessitant un million de mètres-cubes de béton : Keroman I, II et III. La dalle de béton de Keroman II comptera sept mètres d’épaisseur. Le Keroman III sera achevé en janvier 1943, soit quinze mois après le début des travaux. Cependant sa couverture sera renforcée jusqu’en juin 1944 ; ainsi il résistera à l’impact d’une bombe Tallboy de 5,4 tonnes, dont le cratère est toujours visible de nos jours.

Au lendemain de leur victoire, en mai 1945, les troupes alliées vont prendre possession de la base de Keroman encore opérationnelle ainsi que des U-Boote abandonnés. En 1947, un ensemble regroupant ces U-Boote et des sous-marins français restés opérationnels sera nommé Deuxième escadrille de sous-marins. Au début des années 1970 L’escadrille des sous-marins de l’Atlantique verra le jour dans une nouvelle organisation des forces sous-marines françaises. Au plus fort de son activité la base sous-marine de Lorient mobilisera 2000 personnes comprenant les marins d’Etat et les personnels de la Direction des Constructions et Armes Navales (DCAN) de Lorient chargés de l’entretien de cette escadrille.

Les 6 sous-marins de la classe Narval, inspirés des U-Boote du type XXI, mis en service actif de 1957 en 1986, ainsi qu’une partie des sous-marins de la classe Daphné, mis en service actif de 1964 en 1970, seront basés à Lorient. Le sous-marin expérimental Gymnote pour le lancement des missiles sera également affecté en 1968, à Lorient. Entre 1984 et 1986, les 4 sous-marins de la classe Agosta, initialement incorporés au sein de l’Escadrille des sous-marins de la Méditerranée à Toulon, rallieront Lorient pour remplacer les Narval sur le point d’être déclassés.

Accolé au Keroman I, l’installation de la tour Davis, créée par les Allemands et modernisée par la Marine nationale en 1953, servira jusqu’en 1995 de centre d’entraînement au sauvetage des sous-mariniers.

En mai 1993, l’Escadrille des sous-marins de l’Atlantique est dissoute. Se pose alors la question d’une éventuelle restructuration de la base de Keroman. Pour Jean-Yves Le Drian, alors président du district ; « …Entre les projets pharaoniques dont le financement n’est pas acquit et la friche industrielle, la méthode choisie fût celle du pragmatisme, voire de l’opportunisme ».

De nos jours, existe un pôle nautique destiné à la préparation des multicoques de compétition et une Académie Tabarly. En outre un musée naval est ouvert autour du sous-marin Flore sur son slipway qui peut-être visité.