Sa famille résidait à Paris, dans ce qui était l'époque, depuis la loi du 11 octobre 1795, et jusqu'à l'année 1860, le premier arrondissement de la capitale, et en est actuellement le 8^e arrondissement.

Sa mère, Emilie Le Marant de Kerdaniel, née à Brest, est la fille du vice-amiral, devenu par la suite préfet maritime de la 1^re région.

Son père, Edouard Bouët, également né à Brest, à Lambézellec, est le neveu de l'amiral Willaumez, qui l'adoptera et lui donnera son nom. Edouard Bouët-Willaumez deviendra officier de marine, vice-amiral.

Quand naît le jeune Jean Charles, son père est en poste en Afrique, où il créera Libreville, au Gabon, ce qui lui vaudra d'être grand-croix de la légion d'honneur.

C'est le cadet d'une fratrie qui en comprendra 5 ; 3 garçons : Alexandre, Jean Charles et Edouard, et 2 filles, Marie Anne et Eugénie.

Le 8^e arrondissement est à l'époque en pleine expansion, mais les Champs-Elysées restent pour les enfants un vaste terrain de jeux où faire rouler son cerceau, lors d'aventureuses courses poursuites. Les espaces verts abondent, le théâtre du Vrai Guignolet y fait le bonheur des enfants, et sans doute aussi celui du jeune Jean Charles et de son aîné Alexandre.

Mais leur enfance est également studieuse, et, bon sang ne saurait mentir, un an après Alexandre, Jean Charles Edouard entre lui aussi dans la marine, en 1865, à l'âge de 18 ans.

Le milieu du XIX^e siècle est marqué par une profonde révolution de l’art naval, la cuirasse fait son apparition, la machine remplaçant la voile ; la vitesse des navires augmente et l’artillerie subit elle aussi, une profonde évolution qui va conduire aux cuirassés Dreadnougth du XX^e siècle, ce qui ne sera pas sans conséquences sur l’évolution de la marine française et de la formation des futurs officiers, augmentant la part déjà importante des mathématiques.

L’enseignement de l’École navale, théorique et pratique, est réparti en trois domaines d’études : connaissances générales (lettres françaises, histoire maritime, anglais, dessin, analyse et mécanique, physique); connaissances scientifiques spécialisées (astronomie et navigation, observations et calculs nautiques, architecture navale); connaissances professionnelles (manœuvre, machine à vapeur, artillerie, infanterie, torpilles, mécanique). Cet enseignement est complété par des embarquements à bord des bateaux de la drome de l’école, des corvettes en rade et deux grandes corvettes. Les enseignants sont des officiers de marine assistés par des officiers mariniers, et par des professeurs civils.

Une "École d’application des aspirants" prolonge l’École navale ; il s’agit du croiseur "Jean Bart" à bord duquel les élèves officiers embarquent à l’issue de leur séjour à l’école, pour faire un voyage de circumnavigation de dix mois.

Le jeune Jean Charles Edouard devient aspirant le 2 octobre 1868. A l'issue de cette formation, il est promu enseigne de vaisseau le 15 août 1870, rattaché au port de Cherbourg.

Il rend naturellement des visites régulières à sa famille à Paris.

Sur les Champs-Elysées, les cerceaux ont fait place aux promenades, propices aux rencontres les plus charmantes. C'est peut-être ainsi que le jeune Jean Charles a l'occasion de croiser le regard d'Antoinette Iwana, ombrelle et robe de mousseline. Née à l'île Maurice, elle vit rue Miromesnil avec son père Gustave Autard de Bragard, avocat. Sa maman est décédée alors qu'elle n'avait que 7 ans, et sa sœur Hélène, dont elle est très proche, vient d'épouser Ferdinand de Lesseps.

La jeune fille est de 3 ans sa cadette, et des liens de plus en plus forts se tissent entre les deux jeunes gens.

Et le 27 janvier 1872, c'est le grand jour.

En présence d'une nombreuse assistance, Jean Charles et Antoinette échangent leurs consentements. Ils auront cinq enfants, Marie Emeline, née 1873, qui épousera en 1901 le physicien Jules de Fresnay, Fanny Marie, décédée en 1885 à l'âge de 10 ans, Adolphe Guy (1876-1886), Pauline Yvanah, en 1878, et Marie Magdeleine, née en 1880, décédée avant l'âge d'un an.

Au moment de son mariage, il est attaché au port de Cherbourg.

Au 1^er janvier 1879, il embarque sur la frégate cuirassée "Friedland ", qui fait partie de l'escadre de la Méditerranée et participera aux opérations de Tunisie en 1881. 

A cette date, le Lieutenant Vaisseau (LV) Bouët-Willaumez (promu le 10 avril 1879) vient de regagner  Cherbourg.

C'est sur sa demande qu'il partira en Extrême-Orient avec l'amiral Courbet.

Les incursions des "Pavillons Noirs", pirates chinois utilisés par l'Annam comme soldats irréguliers, gênent  la colonie française et, en 1873, l'explorateur Francis Garnier est envoyé en mission pour garantir les voies de passage du commerce français. En novembre, il s'empare de la citadelle du représentant de l'empereur à Hanoï et poursuit sa conquête du Tonkin ; il est tué le mois suivant lors d'une embuscade. Le 15 mars 1874, le "Traité Philastre" établit sur l'Annam un protectorat français aux termes assez flous, tout en reconnaissant la souveraineté de l'Annam sur le Tonkin et en restituant les territoires conquis par Francis Garnier. Mais le refus de la Chine de reconnaître le traité entraîne par la suite un conflit franco-chinois. Bien qu'un deuxième traité de Saigon signé en 1874 ouvre le Fleuve Rouge à la libre circulation, les "Pavillons Noirs" harcèlent les navires de commerce français au début des années 1880.

Le Capitaine de vaisseau Rivière, qui a réoccupé Hanoï le 27 avril1882, et s'est emparé de Nam Dinh en mars 1883, est tué par les Pavillons noirs.

En avril 1883, Courbet est nommé commandant de la division navale d'essais sur le cuirassé "Bayard" à Cherbourg, et part le 29 mai prendre le commandement de la division navale du Tonkin. La division comporte 3 cuirassés, 2 croiseurs, 2 torpilleurs, des transports de troupes, et des canonnières, dont la canonnière "Vipère" : le LV Bouët Willaumez en est le commandant en second.

Après la prise de Sontay le 14 décembre 1883, Courbet et les marins sont momentanément éloignés du commandement, au profit du général Millot. Courbet, persuadé qu'augmenter indéfiniment le corps expéditionnaire est inutile, et que seule une déclaration de guerre en bonne et due forme peut faire changer les choses au Tonkin, est furieux.

Une convention par laquelle le gouvernement chinois reconnaît les accords du protectorat de 1882 est signée à Tien Sin, mais la cour de Pékin ne ratifie pas la convention et une colonne française, attaquée par les Chinois, subit de lourdes pertes.

Le 1^er juillet 1884, le vice-amiral Courbet est nommé commandant en chef des divisions navales du Tonkin et de Chine, qui deviendront le 29 août l'escadre d'Extrême-Orient, composée de 20 bâtiments.

Le 12 juillet, la France envoie à la Chine un ultimatum exigeant le respect de la convention, l'évacuation du Tonkin, et une indemnité de 250 millions de francs. La réponse est évasive, et Courbet, chargé de prendre des gages, va mouiller à l'embouchure de la rivière Min, qui arrose Fou Tcheou. En face, l'armée chinoise inférieure en puissance, est à l'ouest du mouillage de Pagoda, où se trouvent également des corvettes anglaises et américaines.

Le 22 août, Courbet est autorisé à agir. Les torpilleurs attaquent les premiers, les navires chinois sont mis hors de combat en une demi-heure, les forts sont détruits en 5 jours. C'est après la prise de Pagoda, lors de la remontée de la rivière Min, à l'attaque de la passe Mingan, près du fort du même nom, que le LV Bouët Willaumez est mortellement blessé, le 27 août 1884.

Le matin même, il avait écrit à sa femme, et demandé à son ami, le commandant Picard "si je suis frappé, vous direz à mon fils (Adolphe) Guy que son père est mort bravement au service de son pays et que je lui souhaite de mourir comme moi".

L'enfant devait décéder moins de 2 ans plus tard, à l'âge de 10 ans, un an après sa sœur Fanny.

Un service funèbre en mémoire du LV est célébré à Cherbourg, en mémoire du défunt enterré sur les lieux de l'attaque, en présence d'une nombreuse assistance, et des familles Bouët, de Lesseps, Harel, de Jonquières, et de Bragard.

Le Lieutenant de vaisseau Jean Charles Edouard Bouët Willaumez était âgé de 36 ans.