La flottille 6F a été créée le 1^er mars 1943, elle s’appelait à l’origine « 1ere Escadrille des Forces Navales Françaises Libres ». L’insigne de l’escadrille était une croix de Lorraine tréflée. Elle a été basée, sous commandement américain, à la BAN de Port Lyautey (Maroc) d’avril 1943 à juillet 1944, Ses appareils étaient alors des hydravions PBY Catalina de construction américaine. En décembre 1943 l’escadrille est renommée 6FE. En juillet 1944 c’est la BAN Agadir (Maroc) qui accueille la 6FE.

Elle est alors équipée de Martin PBM Mariner qui était un avion amphibie de patrouille maritime. Cet avion sera remplacé à la 6FE en octobre 1944 par le Lockheed PV-1 Ventura, toujours de fabrication américaine, un avion bombardier et de reconnaissance. Le 1^er janvier 1946, elle est renommée 6F avant de rejoindre, en septembre suivant la BAN Lartigue située près d’Oran (Algérie). Elle recevra des Bloch MB 175 en janvier 1947 qui étaient des appareils français mis en service en 1940 durant le second conflit mondial. Une version de torpillage, le MB.175T fut produite une fois la guerre terminée pour l'aéronautique navale ; les derniers exemplaires n'étant réformés qu'en 1960. Les Bloch MB vont à leur tour être remplacés par des Gruman TBF Avenger, bombardier torpilleur de conception américaine qui avait la possibilité d’embarquer sur porte-avions grâce à ses ailes repliables.

L’année 1958 marque un tournant dans l’histoire de la 6F car elle rejoint le territoire national cette année-là, sur la base de Hyères Le Palyvestre. Autre fait marquant de l’histoire de la 6F, elle touche ses Breguet Alizé 1050 en septembre1959. Le Breguet Br.1050 Alizé est un avion de lutte anti-sous-marine français, pouvant embarquer à bord des porte-avions. Il a été mis en service au début des années 1960 et construit à 89 exemplaires (dont douze exportés en Inde) utilisés jusqu'en septembre 2000 après 330 000 heures de vol et 43 ans de service. Avec ses Alizés, la 6F a participé à de très nombreuses missions à bord des porte-avions Clémenceau et Foch sur toutes les mers du monde.