En août 1861, l’empereur de Chine, Hien Fong, meurt, et est remplacé par Tsaï Tchouan, alors âgé de 7 ans. Ce dernier, fils de sa concubine Tseu Hi, assure la régence avec le frère du défunt, le prince Kong qui demande aux français et aux anglais de prendre parti contre les rebelles chinois, les Taïpings. 

La même année, les Taïpings, après s’être emparés de Ning Po (ville de la Chine orientale), visent Shangaï. L’amiral Protet commande la station française de cette ville, composée de deux frégates à voiles « La Forte », portant le pavillon de l’amiral, et « L’Andromaque » avec un effectif réduit, et des canonnières N° 12, 13 et 15 et de quelques petits avisos. La station anglaise commandée par l’amiral Hope sur « L’Impérieuse » est beaucoup plus importante.

Les deux amiraux disposent de 600 marins à terre et des 600 hommes, européens et chinois, qui composent le corps de troupe recruté par un aventurier américain du nom de Ward.

En avril 1862, Protet, met sa marque sur la frégate à vapeur « La Renommée » et reçoit le renfort des avisos à hélice « Monge » et « Rhône » ainsi que d’un bataillon d’infanterie de marine tout juste arrivé de France.

Les français et les anglais ont choisi de défendre le régime mandchou contre les Taïpings. Protet mène plusieurs actions victorieuses : il reprend Chapin le 17 avril, puis la ville de Nazian le 27 avril, et les villes Keding et Tsin Po début mai. Le 15 mai, Protet, souffrant de la grippe, se présente  devant Ne-Kio. Le 17 mai, au cours de l’assaut, l’amiral Protet meurt dans las bras de son aide de camp, atteint d’une balle en plein cœur. Son chef d’état-major, le capitaine de vaisseau De Kersauzon, prend alors provisoirement le commandement de la station française.

En juillet 1864, la révolte des Taïpings prend fin, battue par une armée occidentale composée d’européens et d’américains.