Créée en 1942 dans une enclave de la Base Aérienne existante, la Base d’Aéronautique Navale d’Agadir est d'abord utilisée comme plateforme de repli par les formations rescapées de la BAN Port-Lyautey après les combats qui suivent le débarquement américain du 8 novembre 1942. De 1943 à 1945 elle est principalement utilisée par l'US Navy comme base auxiliaire pour les avions patrouilleurs chargés de la protection des convois alliés contre les sous-marins allemands dans la zone des Iles Canaries. En 1944 deux flottilles de l’Aéronautique navale la 6FE et la 8FE rejoignent Agadir pour participer à ces actions. Après la fin du conflit elle abrite la flottille de lutte ASM 6F et l’escadrille de surveillance maritime 22S. Elle passe sous le contrôle de la Marine en 1949 et devient base école en 1950. Elle accueille l'escadrille de perfectionnement au pilotage sur multi-moteurs 55S et l'escadrille de l'École du personnel volant 56S. Pendant près de dix ans, elle forme de nombreux pilotes et  le personnel volant de toutes spécialités. Épargnée lors du séisme qui détruit la ville le 29 février 1960, elle intervient pour porter les premiers secours aux sinistrés et sert de plaque tournante pour les évacuations  aériennes et l’arrivée de vivres et de matériels. Pendant les semaines qui suivent, elle accueille les victimes et leur procure hébergement, nourriture et soins médicaux. Après une reprise d'activité réduite au deuxième semestre 1960, elle est dissoute et remise aux Forces Royales marocaines en mars 1961.