Il est le fils de Charles Antoine Fontaine, directeur de l’exploitation des chemins de fer de la Corse, chevalier de la Légion d’honneur, capitaine de frégate honoraire, et de Mathilde Julienne Fortier, son épouse.

Après des études primaires en Corse, puis secondaires et supérieures à l’Institut Stanislas de Cannes, il entre à "l’Ecole navale" à Brest en 1918. Après un embarquement sur le croiseur école "Jeanne d’Arc", il est affecté en 1920 sur le croiseur cuirassé "Montcalm" en Extrême Orient. Il embarque ensuite successivement sur l'aviso "Chamois" en 1922, sur le bâtiment hydrographique "Lapérouse" en Indochine en 1925, sur le croiseur "Jeanne d’Arc" en 1927, sur le croiseur "Edgar Quinet" en 1928, sur l’aviso "l’Alerte" stationnaire en Indochine en 1931, puis le torpilleur "Cyclone" à Cherbourg en 1933.

Marcel Fontaine se marie le 20 décembre 1935 à Sanvic (commune rattachée depuis à la ville du Havre), département de Seine Maritime, avec Charlotte Anne Marie Andrée Presle, née la 13 juin 1913 au Havre, fille d'Alfred Jules Presle, courtier, et de Charlotte Marie Louise Ernestine Fenchère, son épouse.

De 1935 à 1937, il enseigne à "l’Ecole navale" à Brest.

Il embarque ensuite comme chef de service sur le contre torpilleur "Mogador", où il est promu capitaine de corvette. En 1939, il fait campagne au Maroc sur le torpilleur "Basque" basé à Casablanca. Il est promu capitaine de frégate en 1940.

En septembre 1941, le commandement du croiseur auxiliaire "Bougainville", ancien cargo bananier "Victor Schœlcher" de la compagnie générale transatlantique, lui est confié. Après une transformation et une militarisation, dans un chantier naval en France, le bâtiment rejoint la Division Navale de l’Océan Indien, où il effectue de nombreuses missions entre Djibouti, les côtes est de l’Afrique et de Madagascar. Il est cité à l'ordre de l'armée de mer pour ces actions de ravitaillement et humanitaires en ces termes :

"Officier que la noblesse de ses sentiments et ses qualités professionnelles ont toujours fait considérer comme un sujet hors pair - Modèle des vertus militaires.

Commandant le croiseur auxiliaire "Bougainville", basé sur Madagascar, s'est vu confier des missions délicates menées avec succès grâce à son intelligente minutie dans la préparation, à son audace dans l'exécution et, en toutes circonstances, à la conscience intégrale de son devoir.

A réussi en particulier à deux reprises en forçant le blocus britannique à amener à Djibouti un important ravitaillement, contribuant ainsi à prolonger l'héroïque résistance de la colonie.

A réussi également à évacuer de Djibouti sur son bâtiment, dans des conditions délicates, 600 femmes, enfants et malades."

Le 05 mai 1942, lors de l’attaque de Diégo-Suarez par les forces maritimes, terrestres et aériennes britanniques, son bâtiment est à l’ancre dans la rade de Diégo-Suarez. Touché à deux reprises par des torpilles lancées d’avion, le bâtiment sombre.

Le commandant Fontaine et les rescapés de son équipage, ainsi que ceux du sous-marin "Béveziers", coulé lui aussi, réussissent à rejoindre la base navale pour poursuivre le combat. Ils sont envoyés au sud de la ville pour renforcer la ligne de défense terrestre entre les forts G de Betaïtra et H d’Anamakia. C’est sur ce front qu’ont lieu les combats les plus meurtriers. Le commandant Fontaine est tué dans la soirée du 06 mai, vers 22 h 30, près du blockhaus de la route d’Anamakia, qui abritait un canon de 75 mm. Il avait conduit héroïquement, à la tête de ses troupes, les combats du côté français sur cette partie de la ligne de défense, durant deux jours sans interruption. Il est cité à l'ordre de l'armée de mer en ces termes :

"Au cours de l'attaque britannique contre Diégo-Suarez son bâtiment ayant été coulé par les premières bombes anglaises, a combattu désespérément à terre avec les défenseurs de la place. S'est exposé avec une magnifique bravoure pour venger la perte de son bâtiment, forçant par sa conduite l'admiration de tous. Est mort en héros."