Le "Pourquoi Pas ?" était le 4eme navire du Docteur Charcot à porter ce nom. Il avait succédé à un cotre de 15 tonneaux lancé en 1893, puis à une goélette de 120 tx en 1896 que Charcot ne gardera qu'une année.

En janvier 1903 le docteur Charcot qui est aussi un grand navigateur, passe commande à la société des Chantiers de constructions navales de Saint Malo d'un trois-mâts goélette destiné à un voyage scientifique vers le pôle nord. A partir de ce moment le nom de Jean-Baptiste Charcot sera invariablement associé aux expéditions polaires. Mais un problème financier vient ternir le beau projet de Charcot et le "Pourquoi Pas ?" sera débaptisé sur cale et renommé le "Français". Le 15 août 1903, Charcot appareille néanmoins du Havre, direction l'Antarctique pour une expédition qui va durer deux ans, avec de nombreuses mésaventures.

Jean Baptiste Charcot sera de retour en France en juin 1905, mais très vite, il décide de repartir en Antarctique et pour cette seconde expédition un autre bateau est mis sur cale aux chantiers François Gautier de Saint Malo. Commencé en 1907, le "Pourquoi Pas ?" sera lancé en 1908. D'une longueur de 40 m, une largeur de 9,20 m au maître-bau, il jaugeait 435 tx; il était doté d'une machine à vapeur "coumpoud" qui lui procurait une puissance de 550 cv, et une vitesse de 7,5 nds. Fort d'une expérience précédente dans les glaces antarctiques, Charcot avait pensé son nouveau bateau pour des expéditions de longue durée en milieu polaire. Construit entièrement en bois tord, prêt à recevoir le double bordé avec soufflage à partir de la flottaison, le "Pourquoi Pas ?" est entièrement construit en chêne, mis à part les petit fonds en orme. Des diagonales d'acier, espacées tous les mètres, lient les membrures entre elles, augmentant ainsi la solidité du navire. L'avant, afin d'affronter les glaces, est renforcé à l'extérieur par des plaques métalliques et le vaigrage calfaté constitue une double coque. C'est Charcot, toujours soucieux du bien-être de ses hommes qui dessine lui-même les aménagements intérieurs.

Pour cette seconde expédition polaire le nouveau "Pourquoi pas ?" quitte le Havre le 15 août 1908, hiverne à l'île Petermann où il complète ses documents cartographiques, puis atteint la terre Alexandra et découvre l’île qui portera son nom (la Terre de Charcot). De retour en France en juin 1910, JB Charcot a été affaibli par le scorbut. Il revient avec une moisson considérable [des mesures océanographiques (salinité, sondage), des relevés de météorologie, une étude des marées, une étude du magnétisme, des collections de zoologie et de botanique confiées au Muséum et à l'Institut Océanographique de Monaco et le relevé cartographique de 2 000 km de côtes]. Après cette expédition Charcot ne retournera pas dans l'Antarctique, mais fera avec le "Pourquoi Pas ?" des  expéditions dans le Nord, en 1911-1914 comme navire école. En 1928, il participe aux recherches de l'hydravion perdu en mer à bord duquel se trouvait le norvégien Roald Amundsen (le premier homme à atteindre le pôle sud). En 1934, 1935, 1936, le Pourquoi pas? transporte les missions polaires de Paul-Emile Victor au Groenland. En 1936, A 69 ans, Charcot prépare ce qu'il pensait devoir être son dernier voyage: "Le Pourquoi pas? est vieux, moi aussi, et puis surtout, tout le monde s'en fout. Le but de la mission était d'aller chercher les membres de l'expédition Paul-Emile Victor au Groenland. De retour du Groenland, le bateau fait escale en Islande. Le 16 septembre 1936 au matin, le navire océanographique du Docteur Jean-Baptiste Charcot sombre près des côtes islandaises, après une tempête qui aura duré douze heures, le "Pourquoi pas ?" se brise sur des récifs au large de l'Islande, non loin de Reikjavik. Jean-Baptiste Charcot et ses 39 équipiers disparaissent dans le naufrage auquel un seul matelot réchappera, le maître Timonier Gonidec. Une cérémonie funèbre se déroulera d'abord à Reykjavik, puis à Saint Malo, port d'attache du "Pourquoi pas ?" après l'arrivée des 23 cercueils. Des funérailles nationales auront lieu à Notre-Dame de Paris, le 12 octobre 1936, en présence du Président Lebrun. Jean-Baptiste Charcot est enterré au cimetière Montmartre à Paris.

C’est à Saint-Malo, où les corps furent rapatriés, que s’exprima une véritable ferveur populaire pour cet homme juste, infatigable serviteur de la science. Un homme qui, durant toute sa vie, jusqu’à une mort légendaire, est resté fidèle à son principe de jeunesse : "faire œuvre utile".